Bulunan elyazmalarında Calamus ve tüy kalem kullandıkları sanılmaktadır. Romalılar ve Yunanlılar düşüncelerini aktarmak için sadece tabletleri ve kazı kalemlerini kullanmıyorlardı. Bunların yanı sıra mürekkep kullandılar. Zaten Plinius, Marcus Vitrunius Polio ve Dicskorides`in yazıtlarında mürekkebin formüllerine rastlanmaktadır.
Eskiçağ’da sepi ali ve demir tannanlı mürekkepler biliniyordu. Bu mürekkeplerin, elyazmalarını kopya eden sanatçılar tarafından kullanıldığı sanılmaktadır. Bazı parşömenlerde, baş harflerin erguvan rengi (temel maddesi zencefre, cıva sülfür ve kantaşı) mürekkeple yazıldığı görülür.
Ortaçağ elyazmalarında, altın ve gümüş yıldızlı çeşitli mürekkeplere rastlanılır. Bu çağda, siyah mürekkep yapımında, özellikle mazı urundan yararlanılırdı. Fakat bu yapım usulü çok ilkeldi ve mürekkep kalitesiz olduğu için, bugün elde bulunan yazmalar ya soluk ya tamamen renksizdir.
18. yüzyılda, mürekkep yapımında bir gelişme görüldü ve daha bilimsel usullere başvuruldu. Yeniçağ’da çok çeşitli ve renk renk mürekkepler ortaya çıktı. Daha sonra dolmakalem mürekkebi, kopya mürekkebi, marka mürekkebi; tipografi, litografi baskılarda kullanılan yağlı, altın, gümüş, bronz yıldızlı matbaa mürekkepleri yapıldı.
Türkler, 20. yüzyıla kadar, genellikle bezit yağının yakılmasından elde edilen bezir mürekkebini kullandılar. Siyah mürekkep ise, Musul mazısı, sirke, göztaşı ve temiz suyun kaynatılıp süzülmesinden sonra, içine biraz Arap zamkı katılmasıyla hazırlanılırdı.
Uzun süre, mürekkep yapım usûlleri gizli tutuldu. Her matbaacı, mürekkebini kendi yapıyordu. Ancak 1818 yılında Fransız matbaacısı Pierre Lorilleux, ilk mürekkep fabrikasını kurdu ve yaptığı mürekkepleri, diğer matbaalara satmaya başladı.